Secondo l'art. 97 del D.Lgs. 267/2000 il segretario sovrintende allo svolgimento delle funzioni dei dirigenti e ne coordina l'attività, salvo quando il sindaco o il presidente della provincia abbiano nominato il direttore generale. Il segretario inoltre:partecipa con funzioni consultive, referenti e di assistenza alle riunioni del consiglio e della giunta e ne cura la verbalizzazione;esprime il parere di regolarità, in relazione alle sue competenze, su ogni proposta di deliberazione sottoposta alla giunta ed al consiglio, nel caso in cui l'ente non abbia responsabili dei servizi;può rogare tutti i contratti nei quali l'ente è parte ed autenticare scritture private ed atti unilaterali nell'interesse dell'ente;esercita ogni altra funzione attribuitagli dallo statuto o dai regolamenti, o conferitagli dal sindaco. In particolare, nei comuni privi di dirigenti possono essere demandate al segretario le funzioni dirigenziali, se non sono attribuite ai responsabili degli uffici o dei servizi (art. 109 del D.Lgs. 267/2000).

Il sindaco può inoltre conferire al segretario le funzioni di direttore generale (attualmente nei comuni con oltre 100.000 abitanti è possibile anche conferire le funzioni ad un direttore generale esterno art. 108 TUEL).